Hydrophobe Wechselwirkungen beruhen auf der Eigenschaft vieler Moleküle, ihre Kontaktfläche mit Wassermolekülen zu minimieren. Wassermoleküle sind in diesem Kontaktbereich auf eine bestimmte Art und Weise angeordnet. Dies erhöht die Ordnung des Systems (senkt die Entropie), und ist deswegen energetisch ungünstig. Hydrophobe Moleküle (Beispiel: Öle) werden also eher miteinander aggregieren, als sich in Wasser zu lösen.