Proteine, die spezifisch bestimmte Strukturen binden, und sie auf diese Weise als "fremd" markieren.
Insbesondere die Wirbeltiere verteidigen sich mit Hilfe von Antikörpern gegen Krankheitserreger. Es handelt sich, wie in der Abbildung am Beispiel eines menschlichen Antikörpers dargestellt, um große Komplexe aus mehreren Proteinketten. An den rot markierten Enden binden sie ihre jeweilige Zielstruktur. Bei der frühen Entwicklung eines Organismus werden alle Antikörper aussortiert, die körpereigene Strukturen erkennen. Strukturen, die später erkannt werden, sind also fremd und werden bekämpft.
Antikörper, die einmal erfolgreich gegen fremde Strukturen eingesetzt wurden, sind bei späteren Kontakten besonders leicht abrufbar; auf diese Weise erwirbt der Organismus Immunität gegenüber den entsprechenden Krankheitserregern.